自110學年度起，「醫學系生物化學碩士班」、「醫學系微生物及免疫學碩士班」、「醫學系生理醫學碩士班」整併更名為「醫學系生物醫學碩士班 Master Program in Biomedical Sciences, School of Medicine」

原碩士班歷史沿革分述於下：

醫學系微生物及免疫學碩士班 民國93年獨立成為微生物免疫學暨分子醫學研究所。 99學年度因應學校系所重整之需求，與醫研所生化碩班合併，並更名為微生物學、免疫學暨生物化學研究所。 100學年度整併更名為「醫學系微生物學、免疫學暨生物化學碩士班」。 103學年起，為使教育目標更加明確，課程設計更符合學生需求，更名為「醫學系微生物及免疫學碩士班」。

醫學系生理醫學碩士班 93學年成立「整合生理暨臨床科學研究所」，94學年正式招生。 97學年更名為「生理暨解剖醫學研究所」。 98學年與本校「神經科學研究所」整併。 100學年正名為「醫學系生理暨解剖醫學碩士班」。 107學年更名為「醫學系生理醫學碩士班」。

醫學系生物化學碩士班 民國84年8月成立至今，隸屬於慈濟大學醫學院醫學系下之生化學科。 84年慈濟大學醫學研究所碩士班設立。 99學年度由原「醫學研究所碩士班生物化學組」與「微生物學免疫學暨分子醫學研究所」整併成立「微免暨生物化學研究所」。 100年8月微免暨生物化學研究所併入醫學系而成為「醫學系微免暨生物化學碩士班」。 102年獲准設立「醫學系生物化學碩士班」。 103學年度「醫學系生物化學碩士班」開始招生。